Ziel des Entwurfs ist es einen Ort zu schaffen, der den Bewohnern und Touristen von Konstanz als Forschungs- und Bildungsinstitution dient und den Besuchern durch Kommunikation, Interaktivität und Transparenz neue Einblicke in die vielschichtigen Aufgabenbereiche von Großaquarien liefert. Der Entwurf soll durch die Verknüpfung mehrere Themenbereiche zu einer neuen Begegnungsstätte werden, an dem sich die Bevölkerung über den Natur- und Artenschutz der regionalen und überregionalen Gewässer informieren und aktiv beteiligen kann. Bei den Lösungsansätzen für die heutzutage auftretenden Problematiken von Schauaquarien, wie den Tierethischen Aspekten, bezieht sich der Entwurf auf drei Schwerpunkte. Diese Schwerpunkte sind Forschung – Bildung und Erholung. Die drei funktionalen Schwerpunkte des Konzepts resultieren in drei funktional getrennten Baukörpern. Dabei entspricht die Größenzuordnung der jeweiligen Funktion. Die Trennung der einzelnen Baukörper erfolgt durch zwei Bezugsachsen. Die Ost-West Achse führt den Weg des Besuchers fort und mündet im Forschungsbereich, während die Nord-Süd Achse den höchsten Bezugspunkt der Konstanzer Altstadt, das Münster, aufnimmt und zur Freifläche Klein Venedig führt. Die Achsen bilden einen Lichthof der als Begegnungs- und Verteilungszone in die jeweiligen Bereiche fungiert und diese so miteinander verbindet.

Der Name Eduquarium bezieht sich auf die primäre Art der Wissensvermittlung innerhalb des Gebäudes. Die Silbe ́Edu` verweist auf das englische Kofferwort Edutainment, das sich aus den englischen Begriffen education (Bildung) und entertainment (Unterhaltung) zusammensetzt und sich auf Konzepte der elektronischen Wissensvermittlung bezieht, bei dem die Inhalte interaktiv und spielerisch vermittelt werden.